فرض می کنیم FreeBSD خود را از نسخه ۷ به ۸ ارتقا داده ایم و چون تمام فایل کتابخانه ای تغییر کرده اند در نتیجه به احتمال زیاد اکثر package هایی که در FreeBSD 7 به خوبی کار می کردند با FreeBSD 8 مشکل دارند و به خوبی کار نمی کنند . بهترین راه این است که تمام این برنامه ها را پاک کرده و سپس تمام برنامه های جدید را که می خواهید با دستور های make install clean یا pkg_add نصب کنید .
معمولا پاک کردن تک تک این برنامه ها هم زمان بر است و هم حوصله می خواهد برایپاک کردن تمام برنامه ها کافی است دستور های زیر را در ترمینال تایپ کنید.
# pkg_delete -f -a # rm -rf /var/db/pkg /usr/local
به همین راحتی هر چیزی که دارید پاک می شود و هسته FreeBSD و سورس اگر نصب کرده باشید باقی می ماند .من معمولا از این روش برای نصب KDE جدید و یا Gnome جدید که تغییرات زیادی کرده است استفاده می کنم.